Foi construída em meados do século XVI.

A Igreja da Misericórdia terá sido erguida sobre a capela associada ao antigo Paço Real, residência dos Duques de Beja, casa eleita pela corte para momentos de lazer desde o reinado de Dom João I e onde terá nascido o próprio Rei Dom Manuel I.

Neste edifício destaca-se a existência de uma torre de controlo de navegação fluvial construída no século XV, ou seja, 100 anos antes da actual Igreja. Estando situada num ponto estratégico, esta torre permitia a vigia do porto local para além de conseguir observar-se uma enorme área, desde Lisboa até Santarém.

A arquitectura da Igreja da Misericórdia é constituída por duas áreas. Uma primeira, de planta quadrangular, com uma parte alpendrada de três portões em arco e onde cresce um segundo piso. Uma segunda, de planta rectangular, que corresponde à nave.

Um interior de traçado maneirista, com uma nave única e um tecto de três planos, em madeira pintada. No centro encontram-se um escudo bipartido com as armas reais e as armas da Misericórdia e, nos restantes caixotões, os símbolos da Paixão de Cristo. O altar encontra-se sobrelevado, junto a um dos mais interessantes retábulos maneiristas que se conhece em Portugal, atribuído a Diogo Teixeira e António da Costa.

Neste edifício encontram-se instalados o Núcleo de Arte Sacra do Museu Municipal de Alcochete, que faz a gestão do espaço e do acervo da Santa Casa da Misericórdia e o Posto de Turismo da Câmara Municipal de Alcochete.

Actualmente, este edifício encontra-se classificado como Imóvel de Interesse Público.